Skipperstræde hed tidligere Sankt Pedersstræde.
Den nordlige ende er ældst, idet 2-3 huse her må være bygget engang i slutningen af 1600-tallet, mens husnumrene til og med nr. 12 (matrikel nr.214) på den østre side er bygget inden 1710. Den sydlige ende er kommet til midt i 1740’erne.
Igennem den nordlige ende løb en af byens hovedrendestene. Mellem nr. 12 og nr. 14 drejede den østover gennem nuværende Skippergangen og fortsatte mod syd ad Fogdens Plads. Dens løb gennem Skippergangen var i 1800-tallet afspærret med plankeværk i hver ende. Kun byens vægtere havde adgang hertil.