Magstræde har haft dette navn siden begyndelsen af 1800-tallet. Husene har rod langt ned i 1600-tallet – nogle måske endda endnu længere. Den repræsenterer sammen med Strandstræde et af de ældste gadeforløb i byen.
Midt i 1600-tallet var strædet domineret af to familier. På den vestlige side boede Palm Henrichsen med familie og efterslægt, og på den østlige side var det Pieter Henrichsen og hans efterkommere, der var bosiddende.