Bebyggelsen langs Krudttårnsvej hører ikke til kommunens ældste, men vejens navn fortæller til gengæld om en side af lokalhistorien, der går flere hundrede år tilbage.
Siden 1600-tallet var der rundt om København anlagt forsvarsværker, hvorfra man kunne imødegå fjendtlige angreb på byen. Det foregik dengang bl.a. med kanoner, som krævede krudtladninger for at kunne sende kugler i hovedet på en fremtrængende fjende. Krudtet
var som regel opmagasineret tæt på fæstningsanlægget, så man havde det ved hånden, hvis krigen brød ud.
Men da der i 1779 skete en voldsom eksplosion i et krudtlager ved Østerport, besluttede man at flytte krudtmagasinerne udenfor byen. Amager måtte lægge jord til, og langs øens østkyst blev der bygget syv krudthuse, der var omgivet af vandgrave og jordvolde for at forhindre uvedkommendes adgang og begrænse skaden, hvis noget skulle ryge i luften.
To af disse krudthuse lå langs kysten i den nuværende Dragør Kommune. Det ene var den bygning, der i dag rummer fritids- og ungdomsklubben Krudthuset, men det andet ligger ved hjørnet af Bachersmindevej og Møllevej. I 1871 blev der opført endnu et krudtmagasin længere mod vest. Det bruges i dag som servicebygning på campingpladsen.
Den nuværende Krudttårnsvej fungerede som adgangsvej til krudtmagasinerne, og midt mellem de to krudtdepoter lå et hus beregnet til den opsynsmand, der holdt øje med krudtet.
Krudttårnsvejen var i øvrigt tidligere betegnelsen for hele den vejstrækning, der forbandt krudthusene, men navnet er i dag kun bevaret i Dragør Kommune. Længere nordpå er Amager Strandvej betegnelsen for den gamle krudttårnsvej.