Under Besættelsestiden 1940-1945 besatte tyskerne Københavns Lufthavn, som de udbyggede i løbet af krigsårene.
Allerede i perioden 1941-1943 blev der anlagt fire startbaner af cement, og slutningen af 1942 blev flere grunde i Dragør og Store Magleby belagt med servitutter vedr. indflyvningshøjde med henblik på store udvidelser.
I vinteren 1943-1944 gik man så i gang med anlæg af en otte km lang og 12 m bred “rullebane”, som forbandt lufthavnen med en række parkeringspladser og hangarer for fly.
Disse flyskjul lå spredt på det sydlige Amager, så man sikrede at de flyene blev spredt over så stort et område som muligt, så man mistede så få fly, som muligt i tilfælde af luftangreb.
Der blev også igangsat store bygningsarbejder sydøst for Store Magleby Skole, hvor de tyske myndigheder havde beslaglagt ca. 40.000 m² jord.
Her påbegyndtes i februar 1944 opførelsen en kæmpemæssig hal, der fik navnet Werft Magleby. Hallen skulle bruges til flyreparationsværksted, og blev sat i forbindelse med rullebanen.
Hallen blev bygget af den tyske Organisation Todt. Anlægget var dog ikke færdigt ved befrielsen.
I slutningen af krigsårene tog Danmark mod hundredetusindvis af flygtninge fra det krigshærgede Tyskland.
Der måtte i en fart skaffes indkvartering og indrettes lejre til dem. I Store Magleby indrettedes der bl.a. en lejr i Werft Magleby med 1.200 sovepladser i den store reparationshangar og i seks nyopsatte barakker. Denne lejr blev først lukket i maj 1947, hvorefter forsvaret overtog bygningerne.
Det var Forsvarets Materielkommando, der benyttede hallen til lager og magasin.
Da materielkommandoen i slutningen af 1960’erne flyttede sine aktiviteter fra Københavnsområdet, blev hallen sat til salg.
I 1968 blev bygningskomplekset overtaget af Store Magleby Kommune for 275.000 kr. Kommunen ombyggede hallen til idrætscenter.
Hallen fik navnet “Hollænderhallen” i forbindelsen med fejringen i 1971 af 450-året for den hollandske indvandring til Amager.
I 1978 blev der forbindelse med hallen bygget en svømmehal og i 1979 kom biblioteket til. Biblioteket er fra 2023 nedlagt igen.
I forbindelse med den seneste renovering, blev der sat stålplader op på facaden af den store bygning. Her blev det sat et billede af et lille fly. Det er imidlertid ikke et krigsfly, men billede af redningskorpset Zonens berømte ambulancefly – som ikke havde nogen tilknytning til hangaren i Hollænderhallen.